(1)有機肥所含養分不是萬能的。有機肥料所含養分種類較多,與養分單一的化肥相比是優點,但是它所含養分并不平衡,不能滿足作物高產優質的需要。
(2)有機肥分解較慢,肥效較遲。有機肥雖然營養元素含量全,但含量較低,且在土壤中分解較慢,在有機肥用量不是很大的情況下,很難滿足農作物對營養元素的需要。
(3)有機肥需經過發酵處理。許多有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子,有些有機肥料中有不利于作物生長的有機化合物,所以均應經過堆漚發酵、加工處理后才能施用,生糞不能下地。
(4)有機肥的使用禁忌。腐熟的有機肥不宜與堿性肥料和硝態氮肥混用。